Lấy bối cảnh của Tokyo ở một thế giới khác, câu chuyện dõi theo bước chân của Tokunana – một đơn vị tập hợp những người đặc biệt thuộc Phòng Cảnh sát Thủ đô. Tokunana chiến đấu chống lại “Nine” – một tổ chức tội phạm chuyên tôn thờ những con rồng đã từng tồn tại ở thế giới này.
bối cảnh thành phố Tokyo hiện đại trong tương lai.Một trường trung học cơ sở biến thành một trạm quản lí thời gian và không gian ở thế kỉ 24.Ở nơi này mọi người có thể đi đến tương lai và quá khứ để tìm hiểu được lịch sử, những kiến thức mà học sinh được học thực chất là một lời nói dối và buộc họ phải tìm về với những ngày xưa để biết thêm về nó.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện. Vài ngày sau Tsubomi chuyển đến Meidou Gakuen,đột nhiên tiên từ giấc mơ xuất hiện và kêu Tsubomi trở thành chiến binh huyền thoại Pretty Cure và bảo vệ cây Tree of Hearts. Từ đây, những Pretty cure mới ra đời!