Vào 30 năm trước, một hiện tượng kinh hoàng đã xảy ra thiêu rụi hơn một nửa thế giới, và tạo ra một chủng người đột biến gọi là Burnish. Burnish là một chủng loài có khả năng tạo ra và điều khiển lửa. Bởi ngọn lửa ấy, chúng đốt cháy khắp nơi trên địa cầu. Câu chuyện theo bước chân của Galo và đội Burning Rescue trong trận chiến đối đầu với Burnish.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
SAkura đến thủ đô với khát vọng bảo vệ thủ đô khỏi thế lực ma quỷ của Hội đồng chánh điện hắc ám giống như cha cô. Tuy nhiên mọi thứ không như là mơ, cô phải sử dụng sức mạnh tinh thần của mình để điều khiển Kubo và phải diễn kịch trong nhà hát quốc gia. Là một người hậu đậu và phá hoại, làm cô ấy trong mắt mọi người trở nên tồi tệ. Cô ấy phải học cách làm việc nhóm chung với họ để ngăn cản kẻ thù phá hủy những ngôi đền để bảo vệ thành phố.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.