Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle).
bối cảnh tại tương lai ở những năm 20xx, vào thời điểm này, Akihabara – nơi từng được xưng tụng là “thánh địa Otaku” đã lụi tàn bởi văn hóa Otaku dần bị bài xích. Người chơi sẽ nhập vai với vai trò quản lý những cửa hàng Otaku còn sót lại. Họ sẽ phải giúp phát triển các cô giá tài năng và cùng nhau chiến đấu với một “vi-rút” lây nhiễm vào thế giới các tác phẩm, đồng thời phục hồi lại “trí nhớ” của mọi người.
Thời đại Văn minh đã chết, nhưng Chito và Yuuri vẫn còn sống. Vì vậy, họ ở trên chiếc xe máy Kettenkrad yêu dấu của họ và đi lang thang trên những tàn tích của thế giới mà họ từng biết. Ngày sau ngày tuyệt vọng, họ tìm kiếm bữa ăn và nhiên liệu tiếp theo cho chuyến đi của họ
Because of the legend left by Tatsuya Uesugi, Meisei Academy High School was well-known for their strong baseball team. But 26 years after their glory, the team has not been able to keep their record and has since lost their fame.
Lu Shuiyin (Riku Suigin bằng tiếng Nhật) là một bậc thầy về chơi game, một kỹ năng chỉ được biết đến với bạn cùng lớp là Lu Lian (Riku Lin ở Nhật). Một hôm, Shuiyin nhận được một thiết bị từ Lu Lian cho một ngôi mộ phát hiện trò chơi trực tuyến.