Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Trước khi xóa sổ loài người khỏi thế giới, các vị thần cho họ cơ hội cuối cùng để chứng minh họ đáng được sống. Đã đến lúc Đại chiến người và thần bắt đầu!
Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Brandon Heat và Harry MacDowel hai người bạn thân, họ sống một cuộc sống vô tư lự ngoài vòng pháp luật cùng với những người bạn của mình, nhưng bị kịch diễn ra sau khi tất cả những người bạn của họ đều bị mưu sát. Trên đường bỏ chạy, cả hai vô tình gia nhập vào Millennion, một tổ chức Mafia khét tiếng. Câu chuyện bắt đầu từ đây.
Bác sĩ Ido, một bác sĩ và một thợ cơ khí sống và làm việc ở nơi tận cùng của thế giới, bãi rác thải hậu tận thế, đã vô tình phát hiện ra một nữ chiến binh cực kỳ mạnh mẽ, mất trí nhớ trong một đống rác phế liệu.