Brandon Heat và Harry MacDowel hai người bạn thân, họ sống một cuộc sống vô tư lự ngoài vòng pháp luật cùng với những người bạn của mình, nhưng bị kịch diễn ra sau khi tất cả những người bạn của họ đều bị mưu sát. Trên đường bỏ chạy, cả hai vô tình gia nhập vào Millennion, một tổ chức Mafia khét tiếng. Câu chuyện bắt đầu từ đây.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Thế giới sẽ như thế nào nếu 80% dân số bộc phát những năng lực đặc biệt từ lúc 4 tuổi? Anh hùng và tội phạm sẽ đối đầu với nhau không ngừng nghỉ. Làm anh hùng đồng nghĩa với việc học cách sử dụng năng lực của mình, nhưng ta sẽ học ở đâu?
Trong tương lai, các cuộc thi đấu với người chơi sử dụng các mô hình nhựa Gundam (GunPla) trở nên rất được ưa chuộng. Nhân vật chính Sei Iori rất giỏi lắp các mô hình GunPla nhưng không có kinh nghiệm thi đấu phải kết bạn với Reiji, một đấu thủ nhiều kinh nghiệm, để thắng giải vô địch GunPla quốc tế.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ