Set in modern-day Tokyo where dreams and desires are afloat, a group of ninjas called "Toukeshuu" is set to stop the spread of "darkness" that prevails in the world using ancient techniques passed down through generations.
Một thế giới tồn tại những Người điều khiển (Meisters) và những Người biến thành vũ khí (Weapon), câu chuyện xoay quanh 3 nhóm nhân vật, là học viên của Shibusen (trường đào tạo Meisters và Weapon do Tử thần thành lập), nhiệm vụ của họ là thu thập đủ 99 linh hồn xấu xa và 1 linh hồn phù thuỷ để biến vũ khí thành Lưỡi hái Tử thần (Death Scythe)
Riku Tachibana, một cậu bé sống cùng ông nội từ nhỏ. Hàng ngày, ông nội cậu thường có những cử chỉ bằng cánh tay rất lạ lùng. Một ngày nọ Riku nhận ra rằng đó là những chiêu thức mà ông đã âm thầm chỉ dạy cho cậu. Điều này làm thay đổi cuộc sống của cậu và mọi rắc rối bắt đầu.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
nói về những mối hận thù trong quá khứ. Hyouma là một phần của Gia tộc Saenome. Anh ta bắt các linh hồn siêu nhiên và gửi họ đến vương quốc của họ. Tuy nhiên, cách tiếp cận của anh ta rất hấp tấp do quá khứ tồi tệ của anh ta với họ.