Kirito tỉnh dậy trong một khu rừng rộng lớn, hoang sơ đầy những cây cao chót vót. Trong cuộc tìm kiếm manh mối về sự thật xung quanh, anh gặp một cậu bé có vẻ quen biết anh.
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
Vào năm 2050, một kĩ sư trẻ tuổi tên là Derrida Yvain đã trở nên nổi tiếng nhờ vào việc chế tạo nên "Cỗ máy di động DZ" tại Rebuild - công ty do cha anh sáng lập. Nhưng vào một ngày nọ, Derrida và đồng nghiệp Nathan của mình đã phát hiện ra một lỗi cực nghiêm trọng của "DZ"s. Họ cố báo cáo với cấp trên của mình nhưng đã bị lờ đi.
In a lonely corner of the world, on the edge of No Mans Land, sits Clocktower Fortress. Its home to the 1121st Platoon of the Helvetian Army, and their newest member is a 15-year-old volunteer named Kanata Sorami, who enlisted to learn how to play the bugle. When she was a child, Kanata was saved by a beautiful soldier and found inspiration in the clear, golden sound of her trumpet. From that day forward, Kanata decided music would be her life.