Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Trong tương lai con người bị một loài quái vật bí ẩn ”Designated Aberrant Disaster: Noise” tấn công. Nhóm song ca nổi tiếng ”Twei Wing” đã mặc những bộ giáp vũ trang thế hệ mới ”Symphogear” chiến đấu chống lại Noise bảo vệ Trái Đất.
Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Trong phần này các tế bào phải làm việc trong một cơ thể có sức khỏe cực kì tồi tệ, hậu quả của việc uống bia rượu, hút thuốc, nạp nhiều cholesterol và bị căng thẳng nặng. Các tế bào trong môi trường cơ thể này cũng chịu vất vả hơn. và giới tính của hồng cầu bạch cầu tráo đổi cho nhau so với bản gốc