Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Câu chuyện về một cô thiếu nữ tên Lucy Heartfilia, khao khát của cô là gia nhập Hội Pháp sư nổi tiếng Fairy Tail. Trên đường phiêu lưu, Lucy đã vô tình gặp gỡ Natsu "Salamander" Dragneel, một thành viên của Fairy Tail, người sở hữu pháp thuật cổ đại Sát Long. Thế rồi Lucy được Natsu giới thiệu vào Hội Pháp sư Fairy Tail và cùng anh chàng này tham gia vô số nhiệm vụ khó khăn nhưng cũng không kém phần thú vị.
Đại gia tộc trừ tà diệt ma Tsuchimikado bước vào thời kì hoàng kim bậc nhất, danh tiếng vang xa khắp bốn bể dưới triều đại của Tsuchimikado Yako. Thế nhưng, tổ sư trừ tà Tsuchimikado Yakotrong trong một lần mắc sai lầm khiến cho phong ấn lối vào địa ngục bị phá vỡ, hàng vạn linh hồn ma quỷ trốn thoát và gây náo động khắp Tokyo. Kể từ đó, danh tiếng của gia tộc Tsuchimikado cũng tàn theo mây khói.
Con người đã tạo ra nhiều câu chuyện. Niềm vui, nỗi buồn, tức giận, cảm xúc sâu sắc. Câu chuyện cảm xúc của chúng tôi, và làm chúng tôi say mê. Tuy nhiên, đây chỉ là ý nghĩ của người ngoài cuộc. Nhưng nếu những người trong câu chuyện có "ý định"?
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.