Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Vào ngày cuối của năm học, Ichika Tachibana 14 tuổi tình cờ gặp một cô gái bước ra từ trong gương.
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.