Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
In ancient times, a group of young men devoted their lives to protecting Athena, the Goddess of Wisdom and War. These men were capable of fighting without weapons—a swing of their fist alone was powerful enough to rip the very sky apart and shatter the earth beneath them. These brave heroes became known as Saints, as they could summon up the power of the Cosmos from within themselves.
Bối cảnh của phim diễn ra trong tương lai, khi loài người sống rải rác qua các vì sao. Đế quốc Valdana phải chịu dưới quyền kiểm soát của gia tộc Tytania – một thế lực giàu có và đầy uy danh. Tytania ngụy tạo nên tầm ảnh hưởng của mình bằng bạo lực và sức mạnh về kinh tế, tồn tại như biểu trưng của nỗi đe sợ đối với toàn đế chế.
Trong phim Subaru Natsuki là một học sinh Trung học bình thường, cậu bị triệu hồi đến một thế giới khác và được cứu bởi một cô gái xinh đẹp. Cậu quyết định ở lại trả ơn cho cô ấy, nhưng không đơn giản như vẻ ngoài của nó. Hai người bị kẻ thù tấn công và họ đã chết. Nhưng chính lúc này cậu lại phát hiện ra khả năng đặc biệt của mình là quay ngược thời gian, tạm gọi là “ Hối Sinh “ về thời điểm mà cậu bắt đầu đến thế giới này nhưng chỉ có một mình cậu nhớ những gì đã xảy ra
Kaoru Nagase- sau khi tan ca mệt mỏi, cô đã gặp phải 1 hiện tượng bí ẩn. Như 1 sự xuyên không, cô ấy đã được chuyển sinh và có được năng lực "sáng tạo thuốc có hiệu ứng"