Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Hiiragi Kyouichirou đi từ thị trấn tỉnh đến Tokyo để theo học đại học. Anh mang theo thanh kiếm của gia đình để bảo vệ bản thân. Khi cậu đến Tokyo, cậu bị cuốn vào âm mưu của quân đội Hoàng gia.
Vào năm 2061 sau Công nguyên, Nhật Bản đã mất chủ quyền. Người dân Nhật Bản trải qua những ngày tháng của họ như những công dân bị áp bức sau khi bị phân chia và cai trị bởi bốn phe thương mại lớn.
Donten ni Warau / Laughing Under the Clouds | Cloudy Laugh. Năm Meji thứ 11, thời đại mà đao gươm bị Chính phủ liệt vào danh sách hàng cấm và những võ sĩ samurai đang dần lu mờ. Tội phạm gia tăng và đất nước Nhật Bản đã xây dựng 1 nhà tù dành cho chúng. Và tại đây, 3 anh em nhà Kumo được giao nhiệm vụ áp giải những tên tội phạm đến “ ngôi nhà ” mới của chúng. Liệu…nhiệm vụ của họ chỉ có thế…?
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".