Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
nguyên tác vốn là bộ manga khoa học viễn tưởng cực nổi tiếng của tác giả Shotaro Ishinomori, được đăng trên tuần san Shonen King từ những năm 1964. Manga đã từng 3 lần được chuyển thể thành TV Anime, 4 tựa phim chiếu rạp (mới nhất là 009 Re:Cyborg năm 2012). Được biết, câu chuyện của Cyborg 009 Call of Justice sẽ kể về Joe Shimamura cùng những cyborgs (nửa người nửa máy) khác đối đầu với Bresudo
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.