Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Cadis Etrama di Raizel tỉnh dậy từ 820-năm giấc ngủ dài và bắt đầu một cuộc sống mới là một học sinh trung học. ngày thanh bình của mình như là một sinh viên được sớm bị gián đoạn bởi một nhóm những kẻ tấn công được gọi là “Liên minh.” Noblesse sau Raizel và tôi tớ trung thành của mình, Frankenstein, khi họ liên tục bảo vệ và tiết kiệm Raizel bạn bè của con người mới từ các mối đe dọa bí ẩn.
Câu chuyện tập trung vào nhân vật chính 16 tuổi sau khi được chuyển đến Trung học Shujin ở Tokyo. Ở lại với bạn bè của cha mẹ mình, anh gặp hai bạn học,và biến hình sinh vật giống như con mèo được gọi là Morgana.