Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.
Usato Ken là một học sinh cấp ba bình thường theo tất cả các nghĩa: Điểm số bình thường, giấc mơ bình thường và có xu hướng ghét những người phi thường. Tuy nhiên, khi gặp hội trưởng và hội phó hội học sinh đều là cả hai người phi thường, cậu lập tức kết bạn với họ. Thế rồi bỗng nhiên, hai người bạn mới này bị triệu tập đến thế giới khác, và Ken tình cờ bị cuốn theo.
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.
Một phần bộ phim kể về cậu bé Ayumu bỗng dưng gặp những điều lạ lùng trong kì nghỉ hè của mình tại ngôi làng Tana dân dã – nơi mà lúc nhỏ Ayumu đã từng sống. Tại đây, cậu bé đã gặp một cô gái tên Miku, một người khá là bí ẩn và có vẻ biết rất nhiều điều
Rin, một cô gái năng động và thích ăn uống, sống ở một ngôi làng xa xôi.Và sâu trong cung điện hoàng gia trong thành phố thủ đô, cô ca sĩ Finis dành cả ngày trong cô độc. Hai người đều có khả năng đặc biệt mà không ai khác có.